První zmínka o milonické faře pochází již z roku 1397. Zemské desky k tomuto datu totiž uvádějí, že Mrakeš z Milonic postoupil Jakubu Bystřicovi z Ojnic patronátní právo a jednu chalupu.
Další zpráva o milonické faře je z roku 1466, kdy Mikuláš Bystřice z Ojnic zapsal chalupu a patronátní právo k milonickému farnímu kostelu Vavřinci Smetanovi z Osvětiman. Fara je pak zmiňována i v dalším období, bohužel bez uvedení jmen farářů či duchovních správců. V průběhu 16. století se objevují první jména duchovních správců, i když podrobnosti o jejich působení ani bližší časové údaje většinou neznáme. Můžeme předpokládat, že katoličtí kněží se vzhledem k působení evangelíků nebo novokřtěnců dostávají v druhé polovině 16. století do poměrně obtížné pozice a že ani milonická fara nebyla ušetřena střídání konfese.
V období třicetileté války a následných zmatků byla fara dočasně neobsazena. Katoličtí duchovní se vracejí velmi záhy, patrně již na samém počátku třicátých let 17. století.
Z roku 1633 pochází zpráva o obsazení milonické fary; duchovní správce byl společný i pro Dobročkovice. Jak a kdy zanikla fara v Dobročkovicích, není známo; buď zanikla již v období po husitské revoluci, kdy byl úřad místního faráře dlouhodobě neobsazen, nebo se tak stalo v pozdějším období přirozenou cestou tím způsobem, že duchovní správa byla vykonávána z Milonic a dobročkovická fara zůstala (snad pro nevelký počet farníků) trvale prázdná. Správcem milonické farnosti se stal Vít Klaba, je však třeba přiznat, že duchovní správa v poměrně nejistých dobách nebyla nejjednodušší a že ani Klaba, ani jeho nástupci v Milonicích nepůsobili výrazně dlouhé období.
Prvním farářem, který zůstal v Milonicích více let, přesněji až do své smrti v roce 1694, byl Bedřich Charvát. Významnými osobnostmi dalších desetiletí jsou jaroměřický rodák Josef Dismas Beschorner, který se v roce 1778 stává kanovníkem kroměřížským a Jan Baptista Latzel. Za jeho působení došlo k výraznému zlepšení životních podmínek místních farářů, protože Latzel mimo jiné prosadil i stavbu nové budovy fary.
19. století
V letech 1805-1807 byl postaven nynější kostel sv. Petra a Pavla. Kostel byl vysvěcen v roce 1810; stavba byla provedena na přání Aloise Josefa hraběte z Kolovrat, světícího biskupa olomouckého, který byl v roce 1803 v Milonicích na generální vizitaci a původní kostel se mu zdál sice po stavební stránce dobrý, avšak příliš malý a prostorově nedostačující potřebám farníků, z nichž při mších se mnohdy až polovina musela tísnit na prostranství před dveřmi kostela, protože uvnitř již nebylo místo.
K nejzajímavějším osobnostem v celé historii milonické farnosti jistě patří Antonín Hauer, který přišel do farnosti roku 1828 a naplnil své poslání duchovního správce vskutku usilovnou prací a snahou nezištně a co nejhorlivěji pomáhat druhým. Za jeho působení dochází k dalšímu vzestupu farnosti i duchovního života. Harrer často neváhal většinu ze svých skromných prostředků používat ve prospěch farnosti. Kromě četných darů určených pro místní kostel nechal znovu postavit hlavní oltář, nakoupil oblečení a další vybavení pro potřeby správce farnosti, zakoupil sochy sv. Cyrila a Metoděje, instaloval kříž před kostelem a další na hřbitově, založil školní knihovnu a obnovil a doplnil inventář filiálního kostela v Dobročkovicích. Prakticky po celý život bojoval s podlomeným zdravím a četnými nemocemi. Farníky byl velmi ctěn a milován a ještě dlouho po své smrti v roce 1852 byl vděčně vzpomínán.
20. století
Z dalších kněží působících v naší farnosti musíme zmínit Ignáce Kolíska, který se stává farářem milonickým od roku 1909.Ve své době tento milonický farář představoval výraznou a zajímavou osobnost. Ignác měl dvanáct sourozenců (sám byl třetí nejmladší): čtyři sestry a osm bratrů, ze kterých František, Leopold, Alois, Karel a Jan byli stavu duchovního. Již pouhý fakt, že šest sourozenců si vybralo duchovní dráhu, stojí za pozornost. Událost to byla natolik neobvyklá, že zaujala dokonce až ve Vatikánu: papež Pius X. poslal v roce 1908 bratřím Kolískům vlastnoručně psané požehnání. Bratři společně vydávali náboženský časopis Růže lurdská s podtitulem Mariánský měsíčník. Ignác Kolísek se jako duchovní správce farnosti velmi zasloužil o opravu místního kostela, rovněž se mu podařilo renovovat hřbitov, nemalou pozornost věnoval i údržbě či drobným opravám křížů a pomníčků v celé farnosti. V duchovní práci pak velmi prosazoval mariánský kult (Panny Marie Lurdské). Výsledkem tohoto zájmu bylo mimo jiné i zabudování nového mramorového lurdského oltáře v kostele. Slavnostní vysvěcení, o kterém hojně referoval i místní tisk, se uskutečnilo v roce 1927. Pokud můžeme soudit, jako duchovní správce byl nejen velmi horlivý a přičinlivý, ale zřejmě i mezi farníky vážený a oblíbený.
1. května 1948 se novým milonickým farářem stal rodák z Pavlova (u Humpolce) Josef Němec. Milonice se mu staly životním osudem, protože jako farář v místní farnosti setrval až do své smrti 14. září 1985, tedy téměř čtyři desítky let. Počátky působení nového duchovního správce byly velmi svízelné – a to z mnoha důvodů. Převzal – jak sám uvedl – „kostel i farní budovu ve velmi špatném stavu.“ Ihned se však pustil do práce. „Ještě letos (1948 – pozn. KM) přes svízelnou situaci hospodářskou se mi podařilo opravit kostel zvenku i uvnitř vymalovat. „Byl jsem až překvapen obětavostí farníků,“ napsal spokojeně do farní kroniky. Týž rok se podařilo provést i menší opravu farní budovy. Stavební práce si celkem vyžádaly 141 tisíc korun (119 tisíc oprava kostela a 22 tisíc oprava fary). Vlastním nákladem (jednalo se o dalších 70 tisíc korun!) pak Josef Němec zřídil vodovod, nechal vybudovat zcela novou koupelnu, zařízení na teplou a studenou vodu a rovněž i nový splachovací záchod.
Mnohem závažnější starosti přinesl politický vývoj. V únoru 1948 proběhl komunistický převrat, který našemu státu na dalších čtyřicet let přinesl totalitní režim a nesvobodu. Nepřátelství bylo zaměřeno i na vesnické faráře: na okresních národních výborech byl zaveden úřad církevního tajemníka, který povoloval (či spíše nepovoloval) jednotlivé náboženské akce, duchovní život byl soustavně narušován, správcové farností byli pod dohledem představitelů MNV, donašečů nebo i policie. Je zajímavé, že Josef Němec odhadl nebezpečí dalšího vývoje i zrádnost komunistického režimu hned po převratu. V zápisu za rok 1948 zapsal do farní kroniky: „komunistický převrat… změnil i vládu v obci a dal ji do ruky menšině komunistické.“ V roce 1953 získal zkušenost s nesmyslností a nenávistí režimu i sám milonický duchovní. Vzhledem k rozšíření slintavky byly od 16. listopadu do 20. prosince 1952 uzavřeny kostely na Bučovicku. Přípis z ONV Bučovice, který Josef Němec dostal v sobotu 15. listopadu 1952 večer, byl natolik obecně formulován, že přímý rozkaz uzavřít kostel nebyl vůbec zřejmý. Když duchovní správce viděl, že nesovické kino je v provozu, že pohostinství jsou otevřená, že děti chodí do školy a že se v Milonicích konala brigáda učitelů z celého okresu – tedy i z míst, kde se vyskytla slintavka – rozhodl se vykonat ještě nedělní ranní bohoslužbu – s tím, že věřící seznámil s přípisem ONV a s faktem, že návštěva kostela již není dovolena. V průběhu bohoslužby se do kostela dostavil pracovník MNV, který požádal o uzavření kostela. Josef Němec odmítl – jednak proto, že nechtěl způsobit zbytečnou paniku či pobouření, jednak i proto, že do konce obřadu zůstávalo jen několik minut. Následně byl za nepřerušení bohoslužby a za okamžité neuzavření kostela odsouzen na čtrnáct dnů vězení. Odvolání, které Josef Němec podal do Brna, bylo zamítnuto, a duchovní si celý trest musel odsedět ve věznici v Brně na Cejlu. Tato zkušenost – stejně jako neustávající diskriminace všech, kteří se nebáli dát najevo své přesvědčení– přiměla Josefa Němce k značné obezřetnosti. Z obavy o osud svůj i farníků raději přestal vést i farní kroniku a soustředil se na drobnou, leč nanejvýš potřebnou práci s dětmi i na rozvíjení blízkých duchovních vztahů s farníky. V průběhu dalších let se mu podařilo provést drobné opravy kostela a fary. V roce 1967, v době dočasného uvolnění, byla započata rozsáhlejší oprava kostela a v roce 1969 se pak podařilo realizovat i opravu farní budovy.
Se stavební činností do jisté míry souvisí i obnova kříže, který se nachází na rozcestí Medlovice – Letošov a který byl v roce 1967 povalen a poškozen mládeží. Slavnostní posvěcení se konalo 14. září 1969. Slavnou mši svatou sloužil P. Josef Soukup z Brna, svěcení vykonal bučovický děkan František Vítek. Kulturní vystoupení zajistil jednak chrámový sbor z Milonic pod vedením Anny Šilhanové, jednak i dechová hudba z Nesovic. Účast věřících byla dle Josefa Němce nad očekávání vysoká, akce se zúčastnilo více než dva tisíce lidí. O necelý rok později, 16. května 1970, byla na kapli v Nesovicích odhalena pamětní deska místnímu rodáku a bývalému opatu staroříšskému Pavlu Součkovi, který v roce 1943 zahynul v koncentračním táboře. Pietní akce se ujali opět Josef Soukup a Josef Němec.
Neustálý boj s větrnými mlýny komunistické zvůle i neochoty úředníků a snaha prosadit a probojovat další opravy či zlepšení byly značně vyčerpávající. V roce 1971 postihl milonického duchovního správce rozsáhlý infarkt. I když se částečně zotavil, nebyl již schopen hlasitě hovořit. Do kostela bylo tedy nainstalováno místní rozhlasové zařízení, které Josefu Němcovi umožnilo vést bohoslužby.
Zejména od počátku 80. let se významnou součástí duchovního života stávají také poutě. Miloničtí farníci tak směřují do Žarošic, na Hostýn, v roce 1985 se zúčastňují i poutě na Velehrad konané u příležitosti výročí smrti sv. Metoděje, která se postupně proměnila v manifestaci proti komunistickému totalitnímu režimu. Z popudu Anny Šilhanové vzniká v osmdesátých letech neformální společenství žen, které se v úzkém kruhu scházejí ke společným modlitbám. Tento příklad našel záhy odezvu i v nedalekých Uhřicích.
Po smrti Josefa Němce byla farnost spravována chvalkovickým farářem Josefem Fabíkem, který působil v Milonicích jako administrátor a současně spravoval i farnost Hvězdlice, a Vladimírem Novotným z Bučovic, který při správě farnosti dle svých možností vypomáhal. Josef Fabík organizuje i přípravu ke svátostem. 28. září 1986 proběhlo ve farnosti první svaté přijímání. O necelé dva týdny později, 11. října 1986, navštěvuje Milonice brněnský kapitulní vikář Ludvík Horký a biřmuje na čtyři desítky osob z milonické i okolních farností (vlastní oslavě ovšem předcházela půlroční příprava všech biřmovanců). Mimořádná činorodost se projevuje i v dalších oblastech, rozvíjí se například práce s mládeží: z Bohdalic zajíždí do farnosti František Hladký, kterému se podařilo založit patnáctičlenný dětský pěvecký soubor. Josef Fabík pak organizuje i neformální setkávání kněží z širšího okolí s místními farníky. Tyto dříve těžko myslitelné akce, které byly vyjádřením především zvýšeného zájmu o aktivní duchovní život, jako by předznamenávaly konec totalitního režimu a politické, kulturní i duchovní nesvobody.
Po roce 1990
Po roce 1989 – s pádem komunistické diktatury a s obnovením demokracie v naší zemi – přicházejí nové podněty a možnosti rozvoje duchovního a společenského života farnosti. Na podzim 1991 a v první polovině roku 1992 byly provedeny rozsáhlé opravy fary, tak aby budova byla vhodná pro trvalý pobyt duchovního správce. Tím se stal až v srpnu 1993 mladý kněz Petr Nešpor. V roce 1997 přichází do Milonic i druhý kněz Pavel Opatřil. Zatímco Petr Nešpor spravoval farnosti Milonice, Nemotice, Dobročkovice a později i Rostěnice, Pavel Opatřil byl ustanoven administrátorem farností Brankovice, Chvalkovice, Hvězdlice a Kučerov. V roce 1999 vystřídal Pavla Opatřila Vít Hába. Již začátkem srpna roku 2000 dochází k další změně: Vít Hába odchází na samostatné místo do Luk nad Jihlavou a na jeho místo nastupuje novokněz z Velké Bíteše Miroslav Slavíček.